6日深夜，廣州南沙區發布通告調整分級分類防控工作，全區城市公交、地鐵等恢復運營。這時，距離南沙全區城市公交、地鐵、輪渡、長途客運暫停運營僅一天半。
6月5日0時至24時，廣州市新增境內感染者9例，均為主動排查發現。從區域分布看，有3例分布在荔灣區白鶴洞街封閉區域，6例分布在南沙區珠江街。
根據防控態勢，6月5日，廣州南沙發布《南沙發布進一步加強疫情防控工作的通告 （第6號）》，為配合全員核酸檢測工作，自5日14時起，南沙全區城市公交、地鐵、輪渡、長途客運暫停運營；高快速路、高鐵、碼頭等全部離南沙通道暫時關閉，恢復時間另行通告。
根據最新通報，6月6日0時至24時，廣州市新增境內感染者4例，均在荔灣區白鶴洞街封閉區域發現。南沙區暫無新增病例。
6月6日晚，《廣州市南沙區新型冠狀病毒肺炎疫情防控指揮部關于調整我區分級分類防控工作的通告（第7號）》發布，其中提出全區城市公交、地鐵、高鐵、出租車、網約車、長途客運、高快速路、碼頭，按照疫情防控常態化健康管理的要求，落實防護措施，恢復運營。運營單位負責做好司機、乘客體溫測量及綠色健康碼的檢查。
目前，廣州總體策略執行分級分類防控。根據廣州市新型冠狀病毒肺炎疫情防控指揮部關于新冠肺炎疫情分級分類防控工作的通告（第13號）以及補充通告（第15號），中高風險地區封閉區域內的人員足不出戶，封控區域內的人員只進不出，對中高風險地區周邊地區實行住家、單位“兩點一線”閉環管理。
廣州市疾控中心副主任張周斌曾于5月29日在新聞發布會上表示：“我們正處于與病毒賽跑的關鍵時刻。當前施行分級分類防控，既是為了快速控制和撲滅疫情，也是為了突出重點、統籌兼顧、分類指導、精準施策。”
張周斌介紹，廣州分級分類防控方案分為三個層級。第一個層級是當前病例較多且出現聚集性疫情的街道，是防控的核心圈，傳播風險高。因此，實行的是“內防擴散、外防輸出、嚴格防控”的剿滅策略。重點在于排查，確保早發現和防外溢。
第二個層級涉及了散發病例的主要活動場所，是本次疫情防控的警戒圈，存在一定的社區傳播風險。因此，在這個防控圈內實行的是“內防擴散、高效防控”的圍堵策略。重點在于避免聚集和降低感染，提前設置防控的隔離帶。
第三個層級是核心圈和警戒圈以外的全市其他區域。雖然暫時沒有病例報告，但在目前的疫情形勢下，仍需警惕出現散發病例。因此，在各項常態化疫情防控措施基礎上，加強了場所限流、控制聚餐、嚴格查驗等場所防控措施。
遏制疫情傳播，核酸檢測是關鍵。6月3日，廣東省委常委會暨省新冠肺炎防控領導小組（指揮部）召開會議，強調要在更大范圍、以更快速度開展大規模核酸篩查，提高檢測效率，爭分奪秒往前趕，確保把底數摸清，盡快切斷傳播鏈條。
南沙區在主動排查中發現6例感染者后，快速做了密接、次密接和重點人群、重點人群和場所的相應防控工作，并啟動全區全員核酸采樣工作。在嚴格執行分級分類防控要求情況下，南沙區根據排查結果，對防控措施迅速做出了調整。
6月6日，南沙區委常委、常務副區長謝明在發布會上介紹，利用大數據分析等手段，對張某等陽性病例近14天活動軌跡進行排查。目前，初步甄別密接者93人、次密接者280人。密接者和次密接者均已管控并集中隔離，重點場所均已采樣和消殺。6月5日17時，完成嘉安花園及重點區域4327人單人單管采樣。
謝明說，全區設置采樣點近200個，全力以赴開展全員核酸檢測，在12小時內基本完成檢測任務。截至6月6日發布會召開時，已累計采樣82.4132萬人，已送核酸檢測樣本62.1116萬份，采樣率超98.11%；目前已出結果21.2萬，均為陰性。采集病例涉及重點場所環境樣本80個樣本，除患者家中樣本呈陽性外，其余均為陰性。
7日，廣州市衛生健康委副主任陳斌在發布會上介紹，截至目前，全市11個區共設置采樣點數2554個，采集單元11711個，累計34657名醫務人員參與采樣工作。在近三天的核酸大排查中，全市累計核酸采樣1869.67萬人次，已發現陽性6例。
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